Kinh nghiệm trong quá trình thực hiện cho thấy, sự phối hợp hiệu quả giữa hai ngành nông nghiệp và y tế là vô cùng cần thiết, đóng vai trò chủ chốt ảnh hưởng đến thành công trong việc ứng phó và đẩy lùi dịch. Thông tư liên tịch số 16/2013/TTLT-BYT-BNNPTNT “Hướng dẫn phối hợp phòng chống bệnh lây truyền từ động vật sang người” do bộ Y tế và Bộ NN&PTNT ban hành ngày 15/7/2013 đã đưa ra các hướng dẫn cụ thể nhằm tăng cường phối kết hợp giữa hai ngành trong việc tăng cường báo cáo định kỳ, thường xuyên giám sát, điều tra, xử lý ổ dịch và truyền thông, đào tạo, nghiên cứu khoa học về phòng chống bệnh lây truyền từ động vật sang người.
Trong thời gian từ tháng 6 đến tháng 10/2015, Bình Định và Thanh Hóa là hai tỉnh thí điểm triển khai các hoạt động trong thông tư với sự hỗ trợ của Cục Thú y, Cục Y tế dự phòng, Viện Vệ sinh Dịch tễ TW (Bộ Y tế) cùng Tổ chức Nông lương Liên Hợp Quốc (FAO) và Tổ chức Y tế thế giới (WHO). Theo đó, một số hoạt động triển khai phòng chống dịch tại địa bàn hai tỉnh có thể kể đến như: xây dựng kế hoạch, giám sát xử lý ổ dịch, phối hợp trong truyền thông, tập huấn phòng chống dịch. Kết quả đánh giá quá trình thực hiện tại hai địa phương cho thấy, thông tư 16 đã đến được các cán bộ y tế và thú y các cấp và được cho là hữu ích trong trường hợp bùng phát ổ dịch khẩn cấp. Tuy nhiên, quá trình đi vào thực tế vẫn còn một số hạn chế chủ yếu xuất phát từ nguyên nhân phối hợp chưa tốt giữa các cơ quan có liên quan. Do đó, việc thực hiện Quy trình hoạt động chuẩn (SOP), phát triển các kế hoạch truyển thông nguy cơ liên ngành, củng cố công tác báo cáo liên ngành về các ổ dịch đồng thời tăng cường tập huấn, chia sẻ thông tin là hết sức cần thiết nhằm tạo ra cơ chế hợp tác hiệu quả trong phòng chống dịch bệnh lây truyền từ động vật sang người./.